Sebelum berdirinya jemaat GIII, warga Indonesia di Tokyo dan sekitarnya yang beragama Kristen telah bersekutu bersama dalam wadah Keluarga Masyarakat Kristen Indonesia (KMKI) dengan mengadakan kebaktian sebulan sekali bersama dengan jemaat Katolik. Namun, di dalam bimbingan Roh Kudus, jemaat Kristen Protestan ini didorong untuk memulai ibadah rutin setiap minggu.
Pada tahun 1989, Pdt. Yasuo Atsumi dan keluarga kembali ke Jepang setelah melayani di Indonesia selama 17 tahun. Setelah kembalinya Pdt. Yasuo Atsumi ke Jepang ini, jemaat Kristen Protestan mengadakan beberapa kali pertemuan di rumah Bpk. Tiwow Mamoto (beliau adalah ketua majelis yang pertama). Pada pertemuan yang diadakan pd tgl 19 Juli 1989 yang dihadiri oleh Pdt. Yasuo Atsumi dan Ibu, Bpk. Tiwow dan Ibu, Bpk. Ronny Makasutji, Bpk. Sumakud, Bpk. Soeparman, Bpk. M.Silaen, Ibu Doortje Seto, Bpk.J.Sampekalo, Sdr.Andoko, Sdri.Monica, Sdri.Henny dan Bpk. Tamatsukuri, diputuskan untuk membentuk gereja Kristen Protestan berbahasa Indonesia di Tokyo, yang berdiri tidak di bawah naungan lembaga gereja di Indonesia. Pada awal berdirinya gereja ini, gereja bernaung di bawah gereja Jepang bernama Tokyo Fukuin Kyokai, sehingga gereja berbahasaIndonesia ini menggunakan nama ini ditambah kata “Indonesia,” sehingga gereja ini mengambil nama “Tokyo Fukuin Kyokai Indonesia” dan disingkat menjadi TFKI (dalam perjalanan pelayanan TFKI, TFKI melepas diri dari naungan gereja Jepang).
Kebaktian Perdana
Kebaktian perdana TFKI diadakan pd tgl 27 Agustus 1989 mulai pk.17 di sebuah gedung sekolah komputer di Shinjuku, Tokyo. Kebaktian perdana ini dilayani oleh Pdt. Yasuo Atsumi.
Gereja Interdenominasi Injili Indonesia
Dalam pimpinan Tuhan, TFKI mensahkan Tata Dasar dan Tata Laksananya pada rapat majelis tgl 26 Desember 1998 di rumah Pdt. Yasuo Atsumi. Dengan disahkannya TD/TL ini, nama resmi gereja ini berubah menjadi Gereja Interdenominasi Injili Indonesia.
Dewan Gereja Pusat GIII
Pada tanggal 14 Agustus 2002, dengan semakin berkembangnya area pelayanan GIII, disahkan Tata Dasar dan Tata Laksana GIII yang baru, sekaligus dibentuk Dewan Gereja Pusat GIII yang mengkoordinir pelayanan GIII seluruh wilayah.
Gereja dan Persekutuan Wilayah di Luar Tokyo
Dalam perjalanan pelayanan GIII, Tuhan juga telah memakai GIII untuk menjadi saluran berkat-Nya bagi umat-Nya yang berada di luar Tokyo.
- Pada bulan Maret 2005 yang lalu, GIII Oarai telah merayakan HUT-nya yang ke-8.
- Persekutuan di Suzuka diresmikan menjadi GIII Suzuka pd tgl 30 Desember 1999.
- Pada tgl 18 Nopember 2000, di Takasaki, Gunma diadakan acara persekutuan perdana, dan kini persekutuan di Takasaki telah mengadakan kebaktian minggu secara rutin. Persekutuan ini diresmikan menjadi GIII Gunma pd tahun 2003.
- Pada tgl 11 Pebruari 2001, Tuhan telah menolong GIII untuk mengadakan kebaktian umum berbahasa Indonesia yang perdana di Okaya, Nagano.
- Pada tahun 2002, telah dimulai juga persekutuan di Nishio (Aichi Prefecture), yang kemudian disahkan menjadi GIII Nishio pada tahun 2004.
- Pada tahun 2003, di dalam pertolongan Tuhan, telah dimulai juga persekutuan di Mitsukaido (Ibaraki Pref.) dan di Hamamatsu (Shizuoka Pref.). Persekutuan Hamamatsu telah diresmikan menjadi GIII Hamamatsu pada tahun 2005.
GIII Bernaung di bawah Japan Evangelical Church
Pada tahun 2003 ini, GIII diterima oleh Japan Evangelical Church, sebagai divisi bahasa Indonesia JEC, sehingga GIII dapat memperoleh perlindungan secara hukum di negara Jepang ini.